石榴根系发达，扭曲不展，上有瘤状突起，根皮黄褐色。
石榴根系分为骨干根、须根和吸收根三部分。骨干根是指寿命长的较粗大的根，粗度在铅笔粗细以上，相当于地上部的骨干枝。须根是指粗度在铅笔粗细以下的多分枝的细根，相当于地上部1～2年生的小枝和新梢。第三类根就是长在须根（小根）上的白色吸收根，大小、长短形如豆芽的，叫永久性吸收根。它可以继续生长成为骨干根。还有形如白色棉线的细小吸收根，称作暂时性吸收根。它数量非常大，相当于地上部的叶片，寿命不超过1年，是暂时性存在的根。但它是数量大、吸收面积广的主要吸收器官，除了吸收营养、水分之外，还大量合成氨基酸和多种激素，其中主要是细胞分裂素。这种激素输送到地上部，促进细胞分裂和分化，如花芽、叶芽、嫩枝、叶片以及树皮部形成层的分裂分化，幼果细胞的分裂分化等。总之，吸收根的吸收合成功能，与地上部叶片的光合功能，两者都是石榴树赖以生长发育的最主要的功能。须根上生出的白色吸收根，不论是豆芽状的，还是细小白线状的，其上均具有大量的根毛（单细胞），是吸收水分和养分的主要器官。因根毛数量巨大，吸收面积也巨大（图4）。
石榴根系中的骨干根和须根，将吸收根伸展到土层中，大量吸收水分和养分，并与叶片（通过枝干）运来的碳水化合物共同合成氨基酸和激素。所以，根系中的吸收根，不但是吸收器官，也是合成器官。在果园土壤管理上采用深耕、改土、施肥和根系修剪等措施，为吸收根创造好的生长和发展环境，就是依据上述科学规律进行的。
图4 石榴根系分布
根系的垂直分布：石榴根系分布较浅，其分布与土层厚度有关。土层深厚的地方，垂直根系较深；而在土层薄、多砾石的地方，垂直根系较浅。一般情况下，8年生树骨干根和须根主要分布在0～80厘米深的土层中。累计根量以0～60厘米深的土层中分布最集中，占总根量的80%以上。垂直根深度达180厘米，树冠高与根深之比为3∶2，冠幅与根深之比亦为3∶2。
根系的水平分布：石榴根系在土壤中的水平分布范围较小，其骨干根主要分布在冠径0～100厘米范围内，而须根的分布范围在20～120厘米处，累计根量分布范围为0～120厘米，占总根量的90%以上，冠幅与根幅之比为1.3∶1，冠高与根幅之比为1.25∶1，即根系主要分布在树冠内土壤中。
