保密行政管理部门在保密检查和案件调查处理中发现违法行为时，可以采取一系列处置措施来确保国家秘密的安全。以下是一些常见的处置措施，同时指出哪些措施不是保密行政管理部门可以采取的（注意，这里列出的是非措施，因此重点在解释哪些措施是会被采取的，从而间接说明哪些不是）：
可以采取的处置措施
收缴非法载体：
- 对检查中发现的非法获取、擅自留存、违规传递等涉及国家秘密载体的行为，保密行政管理部门有权依法实施强制收缴。这些载体包括纸质文件、电子存储介质、涉密设备等实物载体，以及云端存储等虚拟载体形态。
责令限期整改：
- 针对管理制度漏洞、人员违规操作等可能造成秘密泄露的隐患，保密行政管理部门会下达《整改通知书》，明确具体问题清单，并要求有关机关、单位在规定期限内完成整改。整改内容包括但不限于完善保密制度体系、组织全员警示教育、升级技术防护措施等。
停用隐患设施：
- 对检查发现的涉密场所物理防护不达标、信息系统存在漏洞、设备不符合保密标准等情况，保密行政管理部门有权立即采取行政强制措施，如暂停涉密场所使用权限、切断存在漏洞的涉密网络连接、封存未通过检测的保密设备等，直至隐患消除且通过专业评估后方可恢复使用。
建议处分与调离岗位：
- 对严重违反保密规定的涉密人员，保密行政管理部门会建议有关机关、单位给予处分并调离涉密岗位。
移送司法机关：
- 涉嫌犯罪的案件，保密行政管理部门将依法移送司法机关追究刑事责任。
其他行政措施：
- 如通知有关机关、单位纠正不当的国家秘密确定、变更或解除行为；对涉嫌泄露国家秘密的行为进行督促、指导调查处理；对非法获取、持有的国家秘密载体进行收缴或提请相关部门协助收缴等。
不可以采取的处置措施（间接说明）
- 非法定权限内的处罚：保密行政管理部门不能超越其法定权限进行处罚，如不能对违法行为人进行刑事审判或超出其行政管辖范围的处罚。
- 侵犯合法权益的行为：保密行政管理部门在采取处置措施时，必须严格遵守法律法规，不得侵犯当事人的合法权益，如非法搜查、非法拘禁等。
- 不作为或过度作为：保密行政管理部门既不能对违法行为视而不见、不作为，也不能过度干预、滥用职权。其处置措施应当合法、合理、适度。
综上所述，保密行政管理部门在保密检查和案件调查处理中发现违法行为时，可以采取一系列法定的处置措施来确保国家秘密的安全，但不得超越其法定权限或侵犯当事人的合法权益。
