《药师经》的全名为《药师琉璃光如来本愿功德经》，是大乘佛教经典之一，主要赞叹药师佛的行愿。以下是《药师经》的原文全文：
《药师琉璃光如来本愿功德经》
（唐三藏法师玄奘奉诏译）
如是我闻。一时薄伽梵游化诸国，至广严城，住乐音树下，与大苾刍众八千人俱，菩萨摩诃萨三万六千，及国王大臣、婆罗门、居士、天龙八部、人非人等，无量大众，恭敬围绕，而为说法。
尔时曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵曲躬合掌，白言：“世尊，惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿殊胜功德，令诸闻者，业障销除，为欲利乐像法转时诸有情故。”
尔时世尊赞曼殊室利童子言：“善哉善哉，曼殊室利，汝以大悲，劝请我说诸佛名号本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时诸有情故。汝今谛听，极善思惟，当为汝说。”
曼殊室利言：“唯然，愿说，我等乐闻。”
佛告曼殊室利：“东方去此过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来应正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。曼殊室利，彼佛世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情所求皆得。
“第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异。
“第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
“第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
“第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之。
“第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
“第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病苦。闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
“第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众苦所逼，为求安乐，欲得解脱，发心信乐，称念我名。作是念言：‘如来世尊药师琉璃光如来，应正等觉，明行圆满，善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵，名号功德，如是如是。’彼诸有情，闻我名已，由是力故，所有众苦，悉皆消灭，身心安乐，福德增长。
“第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
“第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
“第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
“第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之。
“第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具、华鬘涂香、鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。”
曼殊室利，是为彼世尊药师琉璃光如来应正等觉行菩萨道时，所发十二微妙上愿。
复次曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来行菩萨道时，所发大愿及彼佛土功德庄严，我若一劫，若一劫余，说不能尽。然彼佛土，一向清净，无有女人，亦无恶趣及苦音声。琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁、轩窗罗网，皆七宝成，亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。于其国中，有二菩萨摩诃萨，一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处，悉能持彼世尊药师琉璃光如来正法宝藏。是故曼殊室利，诸有信心善男子善女人等，应当愿生彼佛世界。
（以下略去部分经文……）
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