体现曹溪宗宗旨宗风的修行机关有综合修道院海印寺海印丛林、松广寺曹溪丛林、通度寺灵鹫从林、修德寺德崇丛林、白羊寺古佛丛林五大丛林。可说曹溪宗的代表性修行机关是禅院, 其禅院有凤岩寺特别禅院、桐桦寺金堂禅院、上院寺淸凉禅院、百潭寺无今禅院等90余所禅院，这些禅院内的2000余名僧侣在冬夏结制安居时足不出山门，专心修禅精进。
曹溪宗主要以根据佛法和律藏精神制定的《宗宪》为根本指导方针来管理宗派。1929年日帝殖民统治时期在朝鲜佛敎僧侣大会上独立自主制定的宗宪精神是近代宗团宗宪的嚆矢。现行大韩佛敎曹溪宗《宗宪》是以1994年4月10日全国僧侣大会上通过的改革精神为基础修改制定的。曹溪宗的管理组织如下：上有传承宗统的宗正(象征曹溪宗的最高权威者)和代表宗团并负责宗务行政工作的总务院长，下有中央宗务机关总务院、敎育院、布敎院，立法机关中央宗会和司法机关护戒院，另外在全国还有25个敎区本山，其下还有3000多个下属寺刹和布敎堂。宗团中央宗务机关位于汉城钟路区坚志洞45番地曹溪寺刹内。
