1975年2月起，马发祥先后担任青岛水警区政治部俱乐部放映组组长，宣传科干事。1978年10月起，历任《人民海军》报社编辑、副处长、处长。 1995年4月起，马发祥任海军政治部副秘书长，2000年11月升任秘书长。 2003年3月，马发祥进入国防大学联合战役指挥班学习；
2004年4月任海军装备研究院政治委员。 2008年3月，马发祥开始担任海军试验基地政委；
2011年6月升任海军政治部主任，从而晋升副大军区级将领之列；
2013年6月转任海军副政委。
2014年11月13日在北京因病不幸逝世，终年61岁。
1988年9月被授予海军中校军衔，2005年7月晋升为海军少将军衔，2012年6月晋升为海军中将军衔，是中国共产党第十七次、十八次全国代表大会代表。
