《包青天之鱼美人》的剧情主要讲述了包拯在调查一起离奇命案时，发现案件背后隐藏着一个关于“鱼美人”的神秘传说，以及一段跨越人鱼两界的爱情故事。在这个故事中，包拯接到一起离奇的命案，受害者身上留下的奇异痕迹让他感到事有蹊跷。经过深入的调查，包拯发现这起案件与传说中的“鱼美人”有关。传说中的“鱼美人”是半人半鱼的神秘生物，拥有美丽动人的外貌和神秘的力量。她们通常生活在深水中，与人类世界鲜有交集。然而，这起命案却将“鱼美人”的传说引入了人们的视线。随着调查的深入，包拯逐渐揭开了这段隐藏在案件背后的爱情故事。原来，受害者与一个“鱼美人”女子相恋，但由于人鱼两界的隔阂和世俗的偏见，他们的爱情遭到了重重阻碍。在爱情与命运的挣扎中，受害者不幸遭遇了不幸，而“鱼美人”女子也因为这段禁忌之恋而陷入了深深的痛苦和挣扎。包拯在揭开这段爱情故事的同时，也面临着如何平衡人界与鱼界秩序的挑战。他不仅要找出真凶，还要化解两个世界之间的矛盾和误解。最终，在包拯的智慧和正义感召下，真相大白于天下，“鱼美人”女子也得到了救赎和解脱。这段跨越人鱼两界的爱情故事，以悲剧开头，却以和解和宽容的态度画上了句号。
